Wilaya ya karagwe inazo Hospitali tatu ambazo ni Hospitali ya Isingiro, Nyakaiga na Nyakahanga ambayo ni Hospital teule ya Wilaya. Zote zinamilikiwa na madhehebu ya dini. Pia Wilaya ina Vituo vinne vya Afya (vitatu vya Serikali na kimoja cha madhehebu ya dini (RC). Kuna Zahanati 44 zikiwemo 35 za serikali na za binafsi 9.

Huduma za afya katika wilaya zinachangiwa na serikali, mashirika ya dini pamoja na watu binafsi. Aidha uhamasishaji kuhusu chanjo za aina mbalimbali ulifikia asilimia 98% mwaka 2006/07.

Suala la UKIMWI na ugonjwa wa Malaria bado ni tatizo kwa jamii. Malaria ni tishio hasa kwa watoto wenye umri wa miaka 0-5 na mama wajawazito. Athari kubwa ya UKIMWI ni pamoja na ongezeko kubwa la watoto yatima. Hadi Desemba 2006 watoto yatima wamefikia 44,172. Taratibu za kuwezesha jamii kutambua na kuandaa mipango yao ya kusaidia watoto yatima kwa kuwapa huduma mbalimbali zimeandaliwa kwa kushirikisha wahisani mbalimbali waliopo wilayani.